Rhinogen? Protein Deglycosylation Kit Ⅲ 具有穩(wěn)定性高、比活性高等特點(diǎn),是五種高度純化和非常穩(wěn)定的糖苷內(nèi)切酶的組合,適用于蛋白質(zhì)組學(xué)及糖生物學(xué)研究中糖蛋白上所有N-連聚糖及相對比較復(fù)雜O-連聚糖的有效釋放。
高純度:沒有污染蛋白酶/其它糖苷酶,純度≥95%;
高穩(wěn)定性:每批Kit Ⅲ 試劑盒中酶及試劑都經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量控制,以實(shí)現(xiàn)高穩(wěn)定性;
高比活性:有效和完全的釋放所有N-連聚糖及部分相對比較復(fù)雜O-連聚糖;
HPLC、MS兼容:試劑盒中所有的酶及試劑與下游HPLC及MS兼容。
背景:
Rhinogen? Protein Deglycosylation Kit Ⅲ(for N-Linked & Complex O-Linked Glycans)包含去除所有N-連和部分復(fù)雜O-連聚糖所需要的酶及試劑。其中的酶試劑是五種糖苷酶的混合物,包括PNGase F、O-Glycosidase、α2-3.6.8.9Neuraminidase 、β1-4 Galactosidase及β-N-Acetylhexosaminisase。該試劑盒包含的所有酶及試劑均與下游HPLC及MS兼容。PNGase F是從糖蛋白中特異性除去N-連聚糖的糖苷內(nèi)切酶,能夠?qū)⒔^大多數(shù)N-連聚糖(除最內(nèi)測GlcNac上連有α-1,3巖藻糖殘基,常見于植物及昆蟲糖蛋白)完整地從其所連接的蛋白分子上釋放下來,可以在N-連糖肽或糖蛋白的高甘露糖、雜合和復(fù)雜寡糖部分最內(nèi)側(cè)的N-乙酰葡萄糖胺(GlcNAc)和天冬酰氨殘基(Asn)之間進(jìn)行切割,釋放出完整的寡糖鏈,如圖1。
圖1. PNGase F可以從糖蛋白或糖肽上切割釋放幾乎所有類型的N-連糖鏈
但是對于O-連聚糖,由于結(jié)構(gòu)復(fù)雜多樣且數(shù)量更多,其需要一系列糖苷酶組合使用從糖鏈末端逐一切除修飾的單糖,α2-3.6.8.9 Neuraminidase釋放所有直鏈或支鏈非還原末端的唾液酸殘基,β1-4 Galactosidase水解寡糖鏈上的β1-4連接的半乳糖殘基,β-N-Acetylhexosaminisase催化聚糖末端β-D-N-乙酰半乳糖胺和葡萄糖胺殘基的水解,直到將O-連聚糖修剪成Core 1(Gal-GalNAc-O-S / T)或/和Core 3(GlcNAc-GalNAc-O-S / T)結(jié)構(gòu),然后O-Glycosidase才能酶切釋放Gal-GalNAc或/和GlcNAc-GalNAc核心二糖結(jié)構(gòu),如圖2。此五種酶的組合不能酶切釋放所有的O-連聚糖,如罕見的α-連接的半乳糖、α-連接的巖藻糖、直接與蛋白質(zhì)O-連接的N-乙酰葡萄糖胺(在核蛋白質(zhì)上發(fā)現(xiàn))、直接與蛋白質(zhì)α-連接的N-乙酰半乳糖胺(在粘蛋白中發(fā)現(xiàn))、直接與蛋白質(zhì)O-連接的巖藻糖及甘露糖等。
圖2. O-連糖鏈的釋放需要通過一系列糖苷酶除去單糖,直到將它們修剪成Core 1(Gal-GalNAc-O-S / T)或/和Core 3(GlcNAc-GalNAc-O-S / T)結(jié)構(gòu)
包裝規(guī)格:
Rhinogen? Protein Deglycosylation Kit Ⅲ (for N-Linked & Complex O-Linked Glycans)包裝規(guī)格如下:
PNGase F (Glycerol-free)
O-Glycosidase
α2-3,6,8,9 Neuraminidase
β1-4 Galactosidase
β-N-acetylhexosaminidase
15,000U
1,200,000U
0.6U
0.06U
1.5U
30μl
30μl
30μl
30μl
30μl
目錄號
組成
規(guī)格
體積
QPF-010
配套試劑:
Rhinogen? Protein Deglycosylation Kit Ⅲ (for N-Linked & Complex O-Linked Glycans)配套提供的試劑如下:
試劑
成分
10×Denaturing緩沖液
5%SDS,0.4M DTT
10×Glyco緩沖液2
0.5MSodium Phosphate(pH7.5 at 25°C)
10%NP-40溶液
10%NP-40
產(chǎn)品來源:
本試劑盒中的所有酶都是大腸桿菌BL21中表達(dá)并分離純化的重組酶:PNGase F 基因來源于Flavobacterium meningsepticum,分子量為36kDa;O-Glycosidase基因來源于Enterococcus Faecalis,分子量為147kDa;α2-3,6,8,9 Neuraminidase 基因來源于Arthrobacter ureafaciens,分子量為66KDa;β1-4 Galactosidase基因來源于Streptococcus pneumoniae,分子量為94kDa;β-N-Acetylhexosaminisasef 基因來源于Streptomyces plicatus,分子量為55kDa。
產(chǎn)品質(zhì)量:
SDS-PAGE分析,純度≥95%;沒有檢測到污染的糖苷外切酶、糖苷內(nèi)切酶及蛋白酶活性。
儲存條件:
采用冰袋運(yùn)輸,收到產(chǎn)品后請立即將酶置于4℃,嚴(yán)禁凍存;配套試劑置于-20℃儲存。本品不含防腐劑,務(wù)必確保無菌操作取用,避免污染。
應(yīng)用:
1. 聚糖結(jié)構(gòu)分析;
2. 結(jié)合位點(diǎn)及功能分析;
3. 治療性糖蛋白的表征及質(zhì)量控制;
4. 蛋白質(zhì)組學(xué)分析,消除糖蛋白的異質(zhì)性。
使用建議:
變性條件下去糖基化方案:
1. 取10-100μg糖蛋白溶液,加入3μl 10×Denaturing緩沖液,補(bǔ)加純化水使得反應(yīng)體系為30μl;
2. 將上述30μl體系100℃處理10min,使糖蛋白完全變性;
3. 室溫冷卻5min;
4. 在上述變性體系中,分別加入5μl 10×Glyco緩沖液2、5μl 10% NP-40溶液、1-2μl PNGase F(Glycerol-free)、1-2μl O-Glycosidase、1-2μl α2-3.6.8.9Neuraminidase、β1-4 Galactosidase及β-N-Acetylhexosaminisase,補(bǔ)加純化水至反應(yīng)總體積為50μl,輕柔混勻;
5. 37°C 條件下反應(yīng)1-5hr;
注意:大多數(shù)糖蛋白樣品在37°C 條件下反應(yīng)1-5hr后能夠被完全去糖基化;然而對于一些復(fù)雜的糖蛋白樣品可能需要更長的反應(yīng)時(shí)間。
非變性條件下去糖基化方案:
1. 取10-100μg糖蛋白溶液,加入5μl 10×Glyco緩沖液2、1-2μl PNGase F(Glycerol-free)、1-2μl O-Glycosidase、1-2μl α2-3.6.8.9Neuraminidase、1-2μl β1-4 Galactosidase及β-N-Acetylhexosaminisase,補(bǔ)加純化水至反應(yīng)總體積為50μl,輕柔混勻;
2. 37°C 條件下反應(yīng)4-24hr;
注意:當(dāng)對天然糖蛋白去糖基化時(shí),建議將等量糖蛋白樣品進(jìn)行變性后再同步進(jìn)行酶切去糖基化實(shí)驗(yàn),作為陽性對照,以確定非變性條件下去糖基化反應(yīng)的程度。
操作說明:
1. 上述操作方法旨在為Rhinogen? Protein Deglycosylation Kit Ⅲ 作為去糖基化試劑操作的一般指南,對于不同的糖蛋白樣品,去糖基化活性高度依賴于反應(yīng)條件,建議進(jìn)行適當(dāng)優(yōu)化或根據(jù)經(jīng)驗(yàn)確定最優(yōu)的操作方法;
2. 反應(yīng)體系可以線性放大或縮小;
3. 本產(chǎn)品適用于天然或者變性糖蛋白,當(dāng)變性時(shí),大多數(shù)糖蛋白能更有效地去糖基化。對于天然糖蛋白的去糖基化,可能需要更多的酶及更長的反應(yīng)時(shí)間;
4. 變性及非變性條件下的去糖基化處理方案得到的樣品均與下游質(zhì)譜兼容;
5. Fetuin可用作有效的陽性對照。試劑盒提供的Fetuin濃度為10mg/ml;
6. 本試劑盒不建議用于粘蛋白樣底物(Mucin-like substrates)的去糖基化;
7. 本產(chǎn)品僅供研究使用,不適用于人或動物診斷或治療用途。
此試劑盒與下游HPLC及MS兼容嗎?
是的,Rhinogen? Protein Deglycosylation Kit Ⅲ 所有的酶及緩沖試劑均與下游HPLC及MS應(yīng)用兼容。可以采用微透析或微量過濾制備HPLC及MS分析的蛋白。
用Rhinogen? Protein Deglycosylation Kit Ⅲ 進(jìn)行去糖基化反應(yīng)后沒有糖鏈釋放,是什么原因呢?
Rhinogen? Protein Deglycosylation Kit Ⅲ 包含了釋放幾乎所有N-連糖鏈及常見的core 1 及core 3 O-連糖鏈的必要酶及緩沖試劑。 1)當(dāng)與Asn連接的核心N-GlcNAc被α1-3巖藻糖(通常在植物或昆蟲蛋白質(zhì)中發(fā)現(xiàn))修飾時(shí),會導(dǎo)致寡糖鏈對PNGase F有抗性作用,此時(shí)需要使用PNGase A; 2)由于空間位阻效應(yīng)(蛋白質(zhì)的二級或三級結(jié)構(gòu))會阻礙PNGase F及O- Glycosidase到達(dá)正確的切割位點(diǎn),此時(shí)可能需要變性或者加入更多的酶及延長反應(yīng)時(shí)間; 3)樣品緩沖液中避免有SDS,因?yàn)镾DS會抑制PNGase F,O-Glycosidase和β1-4 Galactosidase的酶活;樣品緩沖體系的pH不宜過酸或過堿,過酸過堿的pH環(huán)境均可能導(dǎo)致酶的失活,建議使用低摩爾濃度、pH中性的緩沖體系。 4)確認(rèn)您的靶標(biāo)蛋白有被糖基化,在不同組織,生物體和/或生長階段及不同的表達(dá)系統(tǒng)的各種變量都可能會導(dǎo)致蛋白糖基化程度的改變; 5)如果釋放的寡糖鏈分子量低,尤其是從分子量大的蛋白質(zhì)上釋放較小分子量的寡糖鏈,此時(shí)糖蛋白與去糖基化后的蛋白在SDS-PAGE上的遷移率很難區(qū)分。
對于天然糖蛋白樣品的去糖基化,應(yīng)該采用多少Protein Deglycosylation Kit Ⅲ?
對于特定的糖蛋白底物,由于糖基化的程度、多樣性以及蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象復(fù)雜性的不同,在非變性條件下,建議設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行適當(dāng)優(yōu)化,可能需要更多的酶及延長反應(yīng)時(shí)間。對于一些復(fù)雜的糖蛋白樣品,在非變性條件下即使延長反應(yīng)時(shí)間可能也只能部分去糖基化,此時(shí)需要加入其它的酶。
Rhinogen? Protein Deglycosylation Kit Ⅲ 理想的對照底物是什么?
Fetuin由于同時(shí)包含有唾液酸化的N-連及O-連糖鏈,是使用本試劑盒理想的對照底物。
是否可以在Protein Deglycosylation Kit Ⅲ 去糖基化反應(yīng)體系中加入蛋白酶抑制劑?
蛋白酶會干擾去糖基化實(shí)驗(yàn)的結(jié)果,當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)處于變性狀態(tài)時(shí),它更容易被蛋白酶切割。因此,以下蛋白酶抑制劑中的任何一種均可用于Rhinogen? Protein Deglycosylation Kit Ⅲ 去糖基化反應(yīng)體系中:
抑肽酶 (終濃度10μg/ml);芐脒(終濃度1mM);胃蛋白酶抑制劑(終濃度10μg/ml);亮肽素(終濃度1μM);EGTA(終濃度1mM);EDTA(終濃度1mM);
各種蛋白酶抑制劑建議配制成1000×的濃縮母液。胃蛋白酶抑制劑溶解在甲醇溶液中,其余均溶解在水中。